疱疹性咽峡炎后期会咳嗽，咳嗽是人体清除呼吸道内的分泌物或异物的保护性呼吸反射动作一般由感冒引起。得了疱疹性咽峡炎不会有咳嗽反应。虽然感冒与疱疹性咽峡炎均属于急性上呼吸道感染但疱疹性咽峡炎的病灶主要在于咽、软腭、悬雍垂(口腔中软腭后缘正中悬垂的小圆锥体。