支气管镜检查是一个有一定痛苦的检查，但是它的痛苦程度总的来说绝大多数成年人是可以耐受的。只有少数年纪比较大的人、基础疾病比较多的人，或者是不能配合的儿童、婴幼儿，可能对于他们就需要通过麻醉辅助下来完成这项检查。它主要的不适感就是镜子通过喉咙，也就是声门的时候，会有呛咳的感觉，有异物感，有轻微的窒息感觉。