副作用是药物不良反应的一类，是药物在治疗剂量下所出现的除治疗目的以外的药理作用。
因为药物的药理学效应往往牵涉到多个脏器，所以，如果一种效应用于治疗，其它效应就会变成副作用。比如，阿托品在缓解胃肠道痉挛的同时，可能会产生一些不良反应，如口干、心悸、便秘、尿潴留等。但是，由于治疗的目的不同，副作用与治疗效果也会发生变化，比如在手术前使用阿托品来抑制腺体分泌和排尿，那么这些副作用就会转变为治疗效果。
副作用一般都是药物的自然反应，虽然大部分都很小，可以预见，但也不能完全避免。对于同一疾病，疗效相近的患者，应该选择较少的药物，但是也不要因为害怕会产生不良反应而畏首畏尾，延误病情。