甲状腺疾病在临床上较为严重，其严重程度在很大程度上取决于甲状腺疾病的本质。
如果有甲状腺良性小结节和甲状腺囊肿以及桥本氏甲状腺炎，这种病就不是很严重了，要重视对小结节的定期复查，要重视复查结节大小，生长速度，界限是否清楚以及纵横比，来判断良恶性。
患了甲状腺功能亢进或甲状腺功能低下，通常都需在医生指导下酌情口服药物治疗，并定期复查甲状腺激素含量，按照甲状腺激素含量调理用药剂量。患甲状腺功能低下需长期补左甲状腺素钠治疗。
甲状腺恶性肿瘤是甲状腺疾病中最严重的一种，而甲状腺恶性肿瘤在临床上又分为乳头状癌、髓样癌、未分化癌、滤泡癌等，乳头状癌及滤泡状癌较为多见，恶性程度相对较小，十年生存率高。