清洗牙结石一般没有明显的危害，操作不当可能会短暂的牙齿敏感、牙齿出血等不适。
牙结石是沉积在牙齿或修复体表面上已钙化或正在钙化的菌斑及软垢。牙结石表面覆盖大量菌斑，形成后刷牙不易将其去除，通常只能通过牙医的专业设备才能去除。
对牙结石进行清洗可以预防牙龈炎和牙周炎的发生，并且专业设备一般不会损伤牙釉质，所以没有明显的危害。但是在操作的过程中，如果出现操作不当，可能导致一段时间牙齿敏感，或者是牙龈出血、牙齿酸痛、牙缝变大等情况，但一般在一周左右就会逐渐消失，可不用过于担心。
平时为避免出现牙结石，建议认真刷牙，饭后、睡前漱口，用牙线去除食物残渣、软垢及菌斑，保持口腔卫生。