如果发现甲状腺自身抗体增高，往往意味着可能出现甲状腺自身免疫的反应。甲状腺是非常重要的内分泌腺，合成、分泌甲状腺激素，免疫系统用来保护甲状腺，但是有的时候它出了错误，把甲状腺自己的某些成分，像甲状腺球蛋白、甲状腺的微粒体或者是促甲状腺激素受体认为是敌人，产生了防御反应，产生了甲状腺的自身抗体。这些自身抗体，如甲状腺球蛋白抗体和甲状腺微粒体抗体出现，并不意味着这些抗体对身体造成直接的损伤，抗体的出现可以考虑是桥本甲状腺炎，本身不需要进行特别的用药治疗，定期复查甲功。
如果出现甲状腺功能的异常，比如甲减，进行甲状腺激素的替代治疗，平时仅仅需要定期复查甲功，没有必要使用特殊的药物来降低抗体。但是如果是出现促甲状腺激素受体抗体，它是引起甲亢非常重要的原因，它可以伪装成促甲状腺激素，造成甲状腺肿大，合成过多的甲状腺激素，使甲状腺激素增高而引起甲亢，这种抗体就要引起重视，需要进行抗甲状腺药物治疗或者是甲亢的手术治疗，甚至同位素治疗。甲状腺抗体高绝大部分没有什么特别的问题，但是促甲状腺激素受体抗体增高就需要提高警惕。