亚急性甲状腺炎症状较轻者无需特殊处理，适当休息，同时给予非甾体类抗炎镇痛药对症处理。对于全身症状较重、甲状腺肿大、疼痛明显的患者，可以给予糖皮质激素治疗，首选泼尼松。用药之后，症状可迅速缓解，甲状腺肿可以迅速缩小，但停药后部分患者可能复发。
对于伴甲亢的患者，一般不需服用抗甲状腺药，必要时可以给予β受体阻滞剂。对于伴甲减的患者，应给予左甲状腺素钠，直至甲状腺功能恢复正常。