先天性心脏病种类繁多，不同的畸形手术方式可能差别极大。大多数的先天性心脏病手术，需要在体外循环的辅助下，心脏停跳，打开心脏完成。手术的操作难度，从最简单的结扎血管、修补缺损，到极其复杂的动脉调转、DKS手术等，也是千差万别的。另有一些功能性单心室的情况，无法进行根治手术，只可以采用一些姑息手术的方法治疗。