应用低分子肝素进行抗凝治疗。需要注意存在颅内出血的风险，用药期间需要监测凝血指标。该疾病还可进行介入治疗，通过局部静脉内取栓治疗。静脉窦血栓往往伴有颅压增高，还需要应用降颅压的药物，如甘露醇、甘油果糖注射液等。部分病人是由感染所导致的静脉窦血栓，需要选择足量、敏感的抗生素进行治疗。针对脱水者需要给予补液，维持水电解质平衡的治疗。