新生儿做先天性心脏病手术是可以报销的，社保、农合和商业保险都可以报销，具体报销金额和比例与就医医院、检查项目和治疗药物都有关系，一般都是基层医院报销比例大，而级别高的医院报销比例小。具体情况家长可以咨询当地医保部门和定点医疗机构。家长还是应该考虑患儿的病情和医院的医疗技术水平以及自身家庭的经济条件综合考虑。