碘缺乏是造成地方性甲状腺肿的主要原因。碘是合成甲状腺素的重要原料，碘缺乏时甲状腺不能合成足够的甲状腺素，引起垂体促甲状腺素代偿性分泌增加，促甲状腺素会刺激甲状腺增生肥大，造成甲状腺肿，另外身体在寒冷的环境下甲状腺素需要量会增加，所以地方性甲状腺肿多发生在离海远的高寒山区。另外，碘过多是引起甲状腺肿的少见原因，部分沿海地区常年饮用高碘水也会导致甲状腺肿。