心内膜缺损是先天性心脏病其中的一种，是由于胎儿心脏在母体内发育有缺陷或者是部分发育障碍所造成的，是比较常见的先天性畸。大部分病因有遗传因素存在，少部分病因是由于染色体异常和单基因的突变，其他的原因还常见于孕妇在妊娠最初3个月之内有风疹病毒感染，影响了胎儿的心血管发育，或者是在妊娠期间母亲服用一些可致畸形的药物，还包括高龄孕妇、营养不良、酗酒、接触放射线等，也可能是致病的因素。