先天性甲状腺功能低下症的常见病因如下：1、孕妇孕期饮食缺碘，使胎儿在胚胎期就因为碘缺乏，导致了甲状腺功能减退症的发生；2、宝宝甲状腺发育不全，或者不发育，或者异位，这几种情况可以导致宝宝甲状腺激素合成的障碍，促甲状腺激素缺乏，或者促甲状腺激素释放激素缺乏，或者甲状腺或靶器官反应低下，引起甲状腺功能低下；3、母亲服用了抗甲状腺的药物；4、母亲本身有自身免疫性疾病，影响了宝宝的甲状腺功能。