甲亢患者吃甲巯咪唑的副作用有：腹部不适、恶心、呕吐及肝功能异常等，还可以出现皮肤瘙痒、皮疹，血液中出现白细胞减少、严重的有粒细胞缺乏、甚至出现再障性贫血。另外还会引起关节疼、头疼、头晕等，过量服用甲巯咪唑，能引起甲状腺功能低下的症状。服用甲巯咪唑期间，患者要定期复查血常规、肝功等。对有明显的临床症状的患者要停止用药，并对症治疗。