肥厚性心肌病的发病机制比较复杂。它是由于胎儿发育中的心肌对血液中的儿茶酚胺反应异常，造成的心肌纤维排列紊乱，形成了心肌细胞的肥厚。肥厚型心肌病有家族发病倾向，属于常属染色体显性遗传。它大多数发生在男性，进展缓慢，大部分在中年的时候才会出现典型症状。高血压、剧烈的运动、慢性的缺氧还有酗酒可以使病情加重。