雌激素药物有一定副作用，常见的是厌食，恶心，呕吐和头昏等；大量长期使用可以导致子宫内膜过度增生引起子宫出血，绝经期妇女用雌激素可能导致子宫内膜癌发生率增大；也可能导致水钠潴留，引起高血压，水肿，增大心衰发生率等。此外，由于雌激素主要在肝脏代谢，以及使用后可能会增加肿瘤风险等，肝功能不良，妊娠早期，除前列腺和乳腺癌外的肿瘤患者都不能使用雌激素。