亚急性甲状腺炎的治疗药物主要包括有非甾体类的解热镇痛药物或者是糖皮质激素，一般程度轻的可以不治疗；程度重的，就可以选择这两类药物，其中糖皮质激素有引起肥胖的作用，但是糖皮质激素引起肥胖的作用也多是在长期使用激素的情况下，短期内使用一般影响不大，所以给予糖皮质激素治疗的患者，也不用过分紧张。大多数患者可以在1-2个月左右停药。