治疗甲状腺炎的药物，包括有纠正甲状腺功能的药物，比如抗甲状腺药物，如：甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶，或者甲状腺激素，如：LT3、LT4、甲状腺素片。还有就是抗感染的以及止疼的药物等等。桥本甲状腺炎的治疗是根据患者甲状腺功能的状态选择纠正甲状腺功能的药物。亚急性甲状腺炎的治疗一般是针对疼痛的症状，选择药物包括非甾体类的消炎镇痛药，或者是糖皮质激素。急性化脓性的甲状腺炎则是需要抗感染治疗等等。