甲功三项和甲功五项的区别是:1、检测的内容不同，甲功三项包括促甲状腺激素、游离甲状腺素、游离三碘甲状原氨酸；甲功五项包括甲功三项加甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体；2、两者的临床意义不同，甲功三项只能检测患者是否有甲亢、甲减的病症，甲功五项还可以检查患者是否有桥本甲状腺炎的病症；3、二者的花费不同。