感染性心内膜炎会引起心脏结构的异常改变，最常见会损害主动脉瓣及二尖瓣。当发生感染性心内膜炎时，血液中有细菌存在，并且细菌可以发生繁殖，损伤心内膜结构。而在左心系统血流速度较快，主动脉瓣及二尖瓣受到血液的冲刷，可以引起瓣膜附着处以及瓣膜之间的损害，导致细菌停留并进行繁殖，出现伴赘生物，或者是瓣膜的严重关闭不全等，进一步会导致心功能的急剧下降，发生危险。