甲状腺囊肿手术一般是不危险的。甲状腺囊肿属于良性病变，对于小的甲状腺囊肿可以进行观察，不考虑做手术的。如果甲状腺囊肿比较大，对气管、血管造成压迫或者影响颈部的美观，这种囊肿可以考虑进行手术治疗，手术时可以单纯将甲状腺囊肿从甲状腺中剥离出来，再进行甲状腺缝合，这种手术一般是没什么危险的。其危险的因素有：甲状腺术后的出血，气管塌陷，喉返神经损伤，这些问题医生会想办法避免的。