缺碘会导致缺碘性甲状腺肿，在几十年前我国山区流行的地方性甲状腺肿，又称大脖子病，就是由于山区缺碘导致的甲状腺肿。随着我国普及食盐加碘，地方性甲状腺肿已经很少见了。
缺碘还可以导致甲状腺功能低下，碘是甲状腺制造甲状腺激素的原料，缺碘可以导致甲状腺功能低下。妊娠妇女如果在怀孕期间缺碘，可以影响后代智力，导致后代智力低下或者智商下降。为避免缺碘，如果没有甲状腺机能亢进，在平常的生活中要吃加碘盐，一旦怀孕，孕妇要适当增加含碘食物的摄入，避免妊娠期间缺碘，影响后代智商。