舍曲林是治疗抑郁症和预防抑郁症复发的药物，国内主要用于治疗抑郁症，同时也可以用于治疗强迫症，预防强迫症初始症状的复发。在美国FDA批准的适应症之中，还增加了治疗惊恐障碍、创伤后应激障碍，以及社交恐惧、焦虑、障碍，需要注意的一点是舍曲林并没有被批准用于治疗双相情感障碍，所以用药之前需要对有抑郁症状的病人进行筛查。
抗抑郁药对于青少年用药需要权衡利弊，并且需要密切观察是否出现临床症状的恶化。对于强迫症的病人需要更长的时间才能够起效，所以应当遵医嘱坚持用药，并且不要擅自停药，因为擅自停药可能会引起情绪烦躁，甚至会发生头疼、昏睡的症状，而且在停用的时候需要逐渐减量，不能够擅自停药。
在用药期间应当注意要避免饮酒，因为酒精可能会增加药物对精神和运动功能的损害，而且服药可能会影响思维的判断能力，因此服药期间，尽量避免驾驶或者操作机器，食物中的葡萄柚或者葡萄柚汁，可以升高舍曲林的药物浓度，因此会增加舍曲林的副作用，所以这一类的食物应当避免。由于舍曲林可能会导致血糖波动，如果是患有糖尿病这样基础疾病的病人，在使用期间需要密切监测血糖，由于舍曲林可能会导致儿童的生长发育受到影响，所以对于儿童的用药需要衡量，由于抑郁症的患者通常是联合用药。患者如果有肝功能的损伤，需要调整舍曲林的用药剂量。