当发生心房颤动时，由于心房收缩频率快而不协调，心房收缩无力，导致心房内血液流速减慢，血液在心房内淤滞，就导致血栓的形成。
血栓最容易发生左心耳处，左心耳是心房内狭长、弯曲的盲端结构。当心房内血液流速减慢时，就会在左心耳内停止流动，在凝血因子的作用下，一段时间后就会形成血栓。一般房颤持续48小时以上，都会有房内血栓形成。