链球菌和葡萄球菌是引发感染性心内膜炎最主要病原微生物，如果目前患者为急性感染性心内膜炎，很有可能是金黄色葡萄球菌引起。还有一些人也有可能是流感杆菌，或者是链球菌、肺炎球菌等所致。
如果患者目前为亚急性感染性心内膜炎，导致发病的常见菌为草绿色链球菌。除此之外，也有可能是链球菌、表皮葡萄球菌风感染所致。