肥厚型心肌病是一种以室间隔非对称性肥厚为主要表现的心肌病，需要与其他引起室壁肥厚的疾病相鉴别，如高血压性心脏病、限制性心肌病等，可完善心脏核磁，必要时可以行心肌活检明确。
此外，从症状的角度来讲，肥厚型心肌病可能会引起患者胸闷、胸痛的症状，需要与缺血性心肌病、风湿性心脏病等引起胸闷、胸痛的疾病进行鉴别。