做室间隔缺损手术后，主要的并发症有以下几种：
第一、肺动脉高压危象，肺动脉高压危象常出现在大型的室间隔缺损患者，这类病人术前多合并有严重的肺动脉高压。
第二、术后的心脏传导阻滞，主要是容易出现房室传导阻滞，有些患者可能用临时起搏器，或者是永久性心脏起搏器。
第三、修复术后的瓣膜残余分流，一般来讲，术后残余分流量小，且并不具有血流动力学改变的患者，可以继续观察。但是，要是术后残余分流量比较大，就需要再次进行手术。
第四、低心排血量综合征，一般的病人术后不容易出现，但是假如术前就存在有严重肺动脉高压的病人，就有可能会出现此类并发症。