如果患者存在心肌肥厚，造成流出道的梗阻，这种情况可以考虑手术治疗。肥厚梗阻性心肌病如果不积极治疗，有可能会导致流出道梗阻，诱发心绞痛，甚至猝死。
手术的治疗方式包括室间隔的化学消融手术，这是种微创的手术，通过消融的方式使肥厚的室间隔部心肌坏死，达到解除梗阻的目的。此外，还可以选择外科的室间隔切除手术来治疗。