亚急性甲状腺炎是与病毒感染有关的一种自限性疾病，预后较好。对于轻症患者只需服用非甾体抗炎药，如阿司匹林、布洛芬缓释胶囊等，缓解颈前区疼痛、发热等症状。对于中、重症患者可给予激素，如醋酸泼尼松片缓解甲状腺区疼痛，并据病情好转情况逐渐减量，一般维持四周左右。
对于部分患者出现甲状腺毒症可给予普萘洛尔，出现甲状腺功能减退者则给予左甲状腺素钠片进行治疗治疗。