甲状腺亚甲炎的治疗据病情轻重而有不同，甲状腺亚甲炎认为是与病毒感染有关的甲状腺自限性疾病。对于轻症患者，如颈前区疼痛、咽痛放射到耳部疼痛时，可给予阿司匹林肠溶片、吲哚美辛片、布洛芬缓释胶囊等止痛药物对症治疗。
对于中重症患者，如颈前区疼痛持续不缓解，伴全身症状，如发热、乏力、心慌、手抖等，可给予激素治疗，如甲泼尼龙片口服。