新生儿如果明确诊断甲状腺功能低下，往往提示先天性，这种情况下在确诊基础上可以给予及早的治疗，常规对症治疗需补充甲状腺素片，治疗效果都比较好。
越早期治疗效果越好，在生后一个月之内发现就应开始治疗，通常对新生儿的生长发育没有明显影响，在婴幼儿期可以接近于正常的同龄儿。如果三个月之后开始治疗，就会影响到新生儿的智能发育。