甲亢有可能引起肝炎、肝功能异常，而且治疗甲亢的抗甲状腺药物，甲巯咪唑或者丙硫氧嘧啶也有可能引起肝炎和肝功能异常。因此，诊断甲亢的患者在应用抗甲状腺药物之前，必须完善肝功的检查，这样可以鉴别是甲亢本身引起的肝炎肝功异常，还是药物性肝损害。
当治疗过程中如果发现药物性肝损害，轻症者可以在保肝药辅助下继续抗甲状腺药物治疗，但如果重症者，必须保肝治疗，同时停用抗甲状腺药物。