甲状腺功能低下症治疗主要是使用口服左甲状腺素钠来进行治疗，甲状腺功能低下症主要是进行替代治疗，通常缺乏的是甲状腺素，所以使用的是左甲状腺素钠进行替代治疗。
另外替代的剂量要依据甲状腺功能低下的程度，通常原则是缺多少补多少。在治疗的起步剂量当中，左甲状腺素钠应该由小剂量起步，然后逐渐加量，让患者功能逐渐恢复到正常状态。不可在起步时就应该使用大剂量，这样会导致患者出现心悸，甚至容易诱发心绞痛的发生。对于甲状腺功能低下症在治疗的过程中，患者自己千万不要擅自减少剂量，或者是停用左甲状腺素钠，这样会导致甲状腺功能减退症再次出现。