1、体格检查：了解病人是否有心脏杂音，判断心脏瓣膜受损情况。检查患者皮肤黏膜是否出现瘀点瘀斑、视网膜是否出现血斑、脚趾手指是否出现痛性结、手掌和足底是否出现无痛性出血斑等。
2、尿液检查：常有镜下血尿和轻度蛋白尿，肉眼血尿提示肾梗死。红细胞管型和大量蛋白尿提示弥漫性肾小球肾炎。
3、血液检查：亚急性细菌性心内膜炎患者呈现正色素性正细胞性贫血，白细胞计数正常或者轻度升高，分类计数轻度核左移。急性细菌性心内膜炎患者常有白细胞计数增高和明显核左移。红细胞沉降率几乎均增高，C反应蛋白增高提示机体感染。
4、类风湿因子：了解患者是否存在风湿免疫系统疾病。当患者类风湿因子阳性时，患者的细菌性心内膜炎发生可能与自身免疫性疾病有关。
5、免疫学检查：25%的病人有高丙种球蛋白血症，80%的病人出现循环免疫复合物。血清补体降低常见于弥漫性肾小球肾炎。
6、血培养：是诊断菌血症和细菌性心内膜炎最重要的方法。近期未接受过抗生素治疗的病人血培养阳性率高达95%以上，其中90%以上的病人阳性结果获自入院第一日采取的标本。培养结果也可以指导用药。
7、超声心动图：可以了解患者心脏结构、心脏功能、瓣膜结构与功能等。如果超声心动图发现赘生物、瓣周并发症，支持细菌性心内膜炎的证据。
8、心电图：可以看见急性心肌梗死或者房室、室内传导阻滞，后者提示主动脉瓣环或者室间隔脓肿。
9、X线检查：肺部多处小片状浸润阴影提示脓毒性肺栓塞所导致肺炎。左心衰竭时有肺瘀血或者肺水肿征。主动脉细菌性动脉瘤可以看见主动脉增宽。
10、CT：CT扫描有助于脑梗死、脑脓肿、出血的诊断。
11、病理学检查：可以了解患者是否有赘生物、心内脓肿。可以证实赘生物的性质和成分。
12、牙科检查：有助于了解患者是否存在口腔感染如牙髓炎、髓后脓肿、牙周炎症等。