1、血清甲状腺素：可直接反映甲状腺功能状态，亚临床甲减时，血清甲状腺素水平正常。
2、血清促甲状腺素：是筛查甲状腺功能异常、检测甲减早期的敏感指标，亚临床甲减时血清促甲状腺素水平升高。
3、血脂：亚临床甲减时可引起血脂代谢异常，导致血清甘油三酯、血清胆固醇、低密度脂蛋白增高。
4、甲状腺超声：可用于观察甲状腺体积及内部结构，尤其观察是否有结节，用于排除其他甲状腺疾病。
5、甲状腺相关免疫指标：当考虑桥本甲状腺炎可能时，医生会安排检查血中抗甲状腺球蛋白抗体(TGAb)、抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)、抗甲状腺微粒体抗体(TMAb)等，以进一步明确病因并指导治疗。
6、颅脑MRI检查：可以排除下丘脑、垂体疾病。
7、基因检查：用于诊断特殊类型的甲状腺功能减退症。