碘源性甲亢的治疗有一定困难，因甲状腺摄碘率低，不能选择碘-131治疗。由于碘水平增加所致及甲状腺毒症，对硫脲类抗甲状腺药效果也较差。轻中度甲亢患者可以抗甲状腺药物治疗，控制碘摄入量。
一、药物治疗
1、高氯酸钾：可以阻止碘的摄入，抑制甲状腺激素的合成，可有发热、皮疹、胃部不适等症状。
2、抗甲状腺药物：如甲巯咪唑，用于治疗胺碘酮所致的甲状腺毒症。
3、泼尼松：泼尼松和甲巯咪唑联合使用，对于碘源性甲亢的治疗效果较好。
二、手术治疗
本病一般无需手术治疗，但是极少数情况下可进行甲状腺次全切除手术。