老年肺血栓栓塞症患者的治疗原则是度过危急期，缩小或消除血栓，缓解栓塞引起的心肺功能紊乱及防止再发。
一、药物治疗
1、肝素：首选静脉给药，开始治疗后24小时内每4~6小时监测活化部分凝血活酶时间，使活化部分凝血活酶时间维持在正常值的1.5~2倍。达到稳定治疗水平后改为每天监测一次活化部分凝血活酶时间，低分子肝素必须根据体质量给药，不同种类的低分子肝素剂量不一样。
2、华法林：胃肠外初始抗凝治疗后，要根据情况启动口服抗凝治疗，该药品常常可以预防血栓形成肺栓塞，一般存在出血倾向或者存在严重肝、肾功能损害的患者禁用此药品。
3、新型口服抗凝药：有利伐沙班、阿哌沙班等，利伐沙班同时还可以与食物同服，也可以单独服用，常见的不良反应为出血或者腹痛、腹膜出血等症状。
4、溶栓药物：有链激酶、尿激酶和重组组织型纤溶酶原激酶(rt-PA)，这些药品常常用于栓塞性疾病的溶栓治疗，常常适用于6~12小时内的冠脉栓塞或者心悸梗死等情况，存在急性内脏出血患者或者陈旧性心梗的患者禁用。
二、手术治疗
若老年肺血栓栓塞症因存在禁忌症而不能接受抗凝治疗，可以通过导管置入下腔静脉滤器，以期在大的血栓栓子进入肺循环前将其截获，从而防止复发。介入治疗为有创治疗，在老年患者中应权衡利弊。