细菌性心内膜炎本身是可以治疗的疾病，治疗愈早治愈率越高，因此早期积极治疗极为重要。由于细菌性心内膜炎赘生物的特殊形态结构，以致不能依赖白细胞的吞噬或其他防御功能消灭深藏其中的致病菌，因此药物治疗原则：1.抗生素首先杀菌剂，可根据血培养+药敏实验指导抗生素选择，必要时联合应用抗生素。2.必须维持较高的抗生素血清浓度，常需大剂量应用抗生素。3.抗生素应能穿透纤维蛋白而达藏于赘生物中的细菌。4.治疗时间必须足够，一般疗程应在4-6周以上，以达到治愈的目的。药物保守治疗效果不佳时可考虑手术治疗。