肺动脉血栓栓塞是危急重症，必须立即治疗。治疗目的主要是帮助患者渡过危机期，缓解栓塞所致的心肺功能紊乱，尽可能多地恢复和维持循环血量，确保组织供氧并防止复发。发病前两天最危险，应该严密地监测生命体征，注意心电图、血气动态的变化。必要的时候可以使用尿激酶、阿替普酶这样的溶栓药物进行溶栓治疗。积极地给予抗凝治疗，预防血栓形成及血栓进一步发展。如果经济条件允许，也可以做手术，行肺动脉血栓摘除术治疗。