肥厚性心肌病预后差异很大。对于梗阻性肥厚性心肌病患者，有的在青少年时和运动中猝死，也有一部分逐渐出现心力衰竭，发展为终末期心衰，最后因心力衰竭、感染等原因死亡。但也有一部分患者，主要是非梗阻型肥厚性心肌病患者，临床表现轻微，多数在正常健康查体时发现，不影响一般的日常活动，临床症状轻微，寿命接近正常人。