任何肥厚型心肌病的晚期都可能会面临心功能不全、房颤以及猝死等问题，所以心尖肥厚型心肌病晚期的治疗应该着重解决心功能的问题：给予强心利尿药地高辛，螺内酯，呋塞米等应用；在改善心功能的同时，需要倍他乐克控制心室率减少猝死等并发症的发生，应用华法林抗凝，预防血栓形成。但是同任何心肌病的治疗一样，心尖肥厚型心肌病的晚期药物治疗效果较差，传统手术治疗效果一般，所以心尖肥厚型心肌病晚期如果心功能比较差，应用强心利尿药物等治疗后效果较差，可以考虑行心脏移植等手术。