新生儿腭裂与早期胚胎发育异常有关，原因很多，如：遗传因素，有20%腭裂的宝宝会有家族遗传史；感染因素，妈妈在孕早期尤其是前3个月病毒性感冒或其它病毒感染；营养缺乏，妈妈怀孕早期偏食，妊娠性呕吐；妈妈妊娠早期喝酒、抽烟；用药不当，服用某些如镇静剂、抗癫痫药物、激素类药物等；还有妈妈患有贫血、糖尿病、孕早期受到精神刺激等等。