氢氯噻嗪是在临床上应用比较广泛的一类药品，其大多数不良反应主要与服用的疗程和剂量有关。比较常见的不良反应包括电解质的紊乱，尤其是低钾血症的出现，主要与噻嗪类药品的排钾作用有关。其次，由于氢氯噻嗪还可以抑制胰岛素的释放，干扰肾小管排泄尿酸，所以长期服用还会出现高糖血症和高尿酸血症。其他少见的不良反应包括过敏，血细胞下降，以及胆囊炎，胰腺炎，性功能减退等。