治疗的目标为解剖症状和控制心律失常。当出现左心室偏心性肥厚、左心室功能受损时，应当注意心力衰竭的发生，此时应进行抗心力衰竭的治疗。梗阻性心肌病考虑手术治疗，作室间隔肌纵深切开术和肥厚心肌部分切除术以缓解症状。近年来试用双腔永久起搏器作右心室房室顺序起搏，以缓解梗阻型的症状。