临床上要根据窦性心律不齐的原因及严重程度来决定病人如何治疗。对于轻度窦性心律不齐的病人，平时没有任何临床症状，也不合并任何器质性疾病，可以暂时不给予治疗。而对于显著窦性心动过缓伴有心脏停搏的病人，建议要积极的给予提。高心室率的药物改善病人的临床症状，必要时安装永久性心脏起搏器，以降低心源性猝死的发生。