甲硝唑主要用于治疗厌氧的细菌引起的口腔、腹腔、女性生殖系统、下呼吸道、骨骼、关节等部位的感染，还可以和其他药物合用，预防妇科手术、胃肠外科手术时的厌氧菌感染。甲硝唑还用来治疗阴道毛滴虫引起的阴道炎、尿道炎、前列腺炎，肠道内和肠道外阿米巴病，麦地那龙线虫病，小袋虫病，贾第鞭毛虫病等寄生虫病。