桥本氏病是由于机体免疫功能异常，产生针对甲状腺滤泡上皮细胞抗原成分，如甲状腺球蛋白、线粒体、过氧化酶等自身抗体，导致甲状腺组织细胞损害及功能障碍。从血清中可检出很高的抗甲状腺各种成分的自身抗体，如甲状腺微粒抗体、甲状腺球蛋白抗体。