对于甲状舌管囊肿或瘘管，外科手术完全清除是治疗的首要措施，因为囊肿和瘘管与舌骨之间的联系紧密，因此，为了避免再次发生。
建议患者在囊肿发生癌并合并颈部淋巴结，则需要进行颈部淋巴结清扫。手术后出现的病变为乳头状或滤泡状癌时，可应用甲状腺激素抑制剂。如果是鳞状上皮细胞癌，应在手术后进行放疗，避免病情反复。