牙周病的病因学说是长期的，现在还没有彻底的了解，最常见的就是细菌，是导致牙周病的主要因素，但是光靠细菌是不够的。
现代医学的观念是，机体对环境的变化，不仅是微生物的种类和数目，而且各寄生体对各种微生物的响应都有很大的差异，从而对其的发病及预后产生一定的影响。引起牙周组织损伤的主要原因是由于细菌引起的炎症和自身的免疫反应，另外还与自然环境、口腔卫生、医疗条件等外部环境有关。