牙齿根尖周炎经根管治疗可得到有效控制，根尖炎症在根管治疗后得到控制。然而还有一部分病人牙根尖炎无法控制，很可能牙根发生了局部折裂，在此情况下才会拔牙。
如不拔牙，轻症脓包反复形成，反复发作，该处有部分炎性物质分泌。
严重者，久治不愈可形成颌骨囊肿、颌骨囊肿范围有大小之分、小者尚可、仅波及到牙、拔之即可。
在临床中，还会遇到部分颌骨囊肿较大，有可能不知波及边几颗牙，这类患者除手术外，还需对波及的牙进行根管治疗，因此发现牙根尖周炎需及时求医诊治。